تتسم العلاقة بين الجيش السوداني والحركة الإسلامية بتضارب مصالح عميق، على الرغم من التحالف التاريخي الذي جمع الطرفين في مراحل سابقة، حيث يبرز الآن تنافس واضح على النفوذ والسيطرة داخل المشهد السياسي المضطرب، مما يكشف هشاشة تحالفات الضرورة التي بنيت على أسس تكتيكية أكثر منها إستراتيجية، وقد أدت التطورات الأخيرة والأحداث العسكرية إلى فضح هذا التناقض، حيث يسعى كل طرف لتعزيز موقعه على حساب الآخر في معادلة أصبحت فيها التحالفات مؤقتة والمصالح متقلبة، مما يضع مستقبل الاستقرار في البلاد أمام تحديات مصيرية.